За Велбъждската епископия данни се откриват в първата грамота на византийския император Василий II (976 – 1025), касаеща църковната уредба на завладените български земи и датирана в 1019 година, информира Българската патриаршия.

В тази грамота на седмо място е поставена епископията Велбъжд, подчинена на архиепископа на България. От императорската грамота е видно, че епископията се е намирала между Средецката, Нишката и Брегалнишката епископии и Разлог: "...и епископът на Велбъжд да има в самия Велбъжд, и в Сътеска, и в Германия, и в Теример, и в Стоб, и в Долна Сътеска, и в Разлог 15 клирици и 15 парици...“.

Това е най-ранното упоменаване на Велбъждската епископия. Грамотите на Василий II утвърждават вече съществуващото положение в църковната уредба на българската държава. Като административен център Велбъжд запазва значението си на духовен център на Велбъждската епископия. 

До падането на Велбъждското деспотство под османско владичество Велбъждската епархия е била подчинена първоначално на Цариградската патриаршия, а от 1018 г. до 1557 г. е под юрисдикцията на Охридската архиепископия.