Бившият министър на отбраната Николай Цонев не е допуснат да е кандидат за член на Националното бюро за контрол на специалните разузнавателни средства. Предложението е на ДПС от кръга на Ахмед Доган. Това става ясно от сайта на Народното събрание от доклад на ресорната комисия. 

На основание раздел II, т. 1 от процедурните правила при проверката за допустимост на кандидатите Комисията установи по отношение на предложения от ПГ "ДПС-ДПС" за член – доц. д-р Николай Цонев, че същият не отговаря на изискването за притежаване на 8 годишен юридически стаж или професионален стаж в службите за сигурност или в службите за обществен ред, съгласно чл. 34в, ал. 2, предл. второ от Закона за специалните разузнавателни средства. 

През месеците след края на мандата му като министър на отбраната Николай Цонев е разследван за злоупотреби по време на управлението му на Министерството на отбраната. На 1 април 2010 година зрелищно е арестуван и обвинен в предлагане на подкуп на следовател, като по време на ареста заместник-градският прокурор Роман Василев нарича Цонев "абсолютен престъпник“. На 28 октомври 2012 година е оправдан от Софийския градски съд по това обвинение.

На 1 юни 2012 г. Цонев е оправдан от Върховния касационен съд по друго дело – за сключване на четири неизгодни сделки през 1999 г. когато е ръководител на дирекция "Управление на доставките“ в Министерството на отбраната.

Общо Цонев е съден и оправдан по четири дела и през август 2015 г. осъжда прокуратурата на втора инстанция да му плати обезщетение в размер на 15 хил. лева.